После событий предыдущих миссий Наруто, Сакура и Саске получают новое задание, связанное с загадочной Страной Нано — небольшим, но стратегически важным государством, о котором ходят слухи как о месте скрытых лабораторий и древних технологий. Команда отправляется туда вместе с Какаши, чтобы выяснить, почему в регионе участились нападения неизвестных шиноби и исчезновения людей. По пути герои сталкиваются с трудностями, странными местными законами и опасными ловушками, а Наруто, как всегда, старается поддержать всех своей решимостью и верой в победу.
В Стране Нано они узнают, что за происходящим стоит тайная организация, пытающаяся заполучить редкий источник энергии, способный усилить боевые техники и изменить баланс сил в мире шиноби. Во время расследования героям приходится разделиться: одни ищут улики в городах, другие пробираются в запретные зоны. Серия постепенно подводит к столкновению, в котором Наруто должен будет проявить не только силу, но и умение доверять товарищам, чтобы защитить местных жителей и сорвать планы врага.
Наруто Путешествие в Страну Нано 200 серия